بنیاد فرهنگ جعفری
بنياد فرهنگ جعفري، با الطاف الهي و عنايت امام عصر ارواحنا فداه و اهتمام برخي نيک انديشان و دلسوزان مکتب اهل بيت عليهم السلام در سال 1382 فعاليت خود را آغاز نموده است. اين بنياد هدف خود را تقويت و ترويج مباني و معارف مکتب جعفري اثني عشري و پاسخ گويي به شبهات معاندان نسبت به تشيع به ويژه در حوزه امامت و ولايت و پيرايش تاريخ اسلام از زنگار تحريف قرار داده است. براي دستيابي به اين مهم، هيئت امناي بنياد از حضرت آيت الله شيخ محمد رضا جعفري تقاضا نمود که جهت نظارت و پشتيباني علمي اين حرکت به قم مهاجرت نمايند.موافقت و استقبال ايشان که همراه با انتقال ميراث علمي ايشان به اين بنياد صورت گرفته است، سرمايه اصلي مرکز را در آغاز فعاليت خود تشکيل داده است. تحقيقات وسيع و بديع ايشان، گستره هاي مختلفي مانند تاريخ، تفسير، کلام، رجال، حديث، فرق و مذاهب را در بر مي گيرد.

ـ دفترحفظ، تدوین و نشر آثار
این دفتر به منظور تنظیم آثار مکتوب و تدوین مباحث گفتاری و نوشتاری مرحوم آیت الله شیخ محمد رضا جعفری شکل گرفته است.
در این راستا با استمداد از محققین و پژوهشگران برتر و آشنا با مباحث مطرح شده در آثار، سعی خود را بر تهیه ، تدوین و تنظیم مباحث به گونه قابل طرح در مجامع علمی گذاشته است و تا کنون بخش عمده ای از این آثار چاپ و منتشر شده است.